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Variante ómicron del SARS-CoV-2

variante del SARS-CoV2
Artículo principal: Variantes de SARS-CoV-2

La variante ómicron [1]​ (también conocida por el identificador de linaje PANGO B.1.1.529.1, el identificador de clado GISAID GR/484A y el identificador de clado Nextstrain 21K)[2]​ es una variante del SARS-CoV-2, causante de la enfermedad COVID-19. El primer caso se detectó en Botsuana el 9 de noviembre de 2021[3]​ a partir de una muestra recogida bajo los auspicios de la Red para la Vigilancia Genómica en Sudáfrica.[4]​ El 26 de noviembre de 2021 la Organización Mundial de la Salud (OMS) la designó como una variante preocupante.[5]​

Variante ómicron
B.1.1.529.1
Parte de las variantes del SARS-CoV-2

Casos acumulados de la variante ómicron por territorio      10.000–99.999     1.000–9.999     100–999     10–99     1–9     0
Agente patógeno
Patógeno SARS-CoV-2
Tipo de patógeno Virus
Enfermedad causada COVID-19
Datos históricos
Inicio 26 de noviembre de 2021
Lugar de inicio Bandera de Sudáfrica Sudáfrica
Nivel del contagio Pandemia
Lugares afectados 149 territorios
[editar datos en Wikidata]

La variante tiene un número inusualmente grande de mutaciones, varias de las cuales nuevas y algunas de ellas (concretamente treinta y dos) afectan a la proteína de la espícula utilizada en la mayoría de las vacunas actuales. Este nivel de variación tiene efectos preocupantes respecto a la transmisibilidad, evasión del sistema inmunológico y resistencia ante las vacunas contra la infección asociada al SARS-CoV-2. Por ello, la variante fue rápidamente designada como «preocupante» y varios países introdujeron restricciones de viaje para limitar o ralentizar su propagación internacional.

Sin embargo, el 31 de enero de 2022 se puso fin al bulo de esta variante no era suficiente con dos vacunas cuando los científicos españoles confirmaron que las vacunas son efectivas al igual que otras variantes.[6]​

Por su contagiosidad y mutaciones, rápidamente ha dado lugar a subvariantes.

Clasificación

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Nomenclatura

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El 26 de noviembre, el Grupo Asesor Técnico de la OMS sobre la evolución del Virus SARS-CoV-2 declaró que el linaje PANGO B.1.1.529 era una variante preocupante y lo designó con la letra griega ómicron.[7]​[8]​ La OMS omitió «nu» y «xi», las siguientes letras en el alfabeto griego, para evitar confusiones con la palabra inglesa new y evitar confusión y ofensa con el apellido chino Xi, que es el 296º apellido más común en China y el apellido del líder de dicho país.[9]​ La Organización Mundial de la Salud reserva la designación «ómicron» para variantes preocupantes.[10]​

El proyecto GISAID le ha asignado el identificador de clado GR/484A y el proyecto Nextstrain le ha asignado el identificador de clado 21K.[2]​

Mutaciones

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Ilustración de las ubicaciones de las mutaciones de ómicron en la proteína de pico. Vista superior (izquierda) y vista lateral (derecha) que muestran sustituciones de aminoácidos (amarillo), eliminaciones (rojo) e inserciones (verde). En esta estructura trimérica dos monómeros (gris y azul claro) tienen sus dominios de unión al receptor en la conformación inferior mientras que uno (azul oscuro) está en la conformación superior o abierta. Datos de mutación de la OMS. Estructura de PDB : 6VYB.[11]​

La variante tiene una gran cantidad de mutaciones, algunas de las cuales son preocupantes.[12]​ Treinta y dos de estas mutaciones afectan a la proteína de la espícula. Dicha espícula es el principal objetivo antigénico de los anticuerpos generados por infecciones y de la mayoría de las vacunas administradas hasta 2021. Muchas de esas mutaciones no se habían observado en otras cepas.[13]​[13]​ La variante se caracteriza por 30 cambios de aminoácidos, tres pequeñas supresiones y una pequeña inserción en la proteína de la espícula en comparación con el virus original, de los cuales 15 están ubicados en el dominio de unión al receptor (residuos 319-541). También lleva una serie de cambios y supresiones en otras regiones genómicas. Es de destacar que la variante tiene tres mutaciones en el sitio de división de la furina.[14]​ El sitio de escisión de la furina aumenta la infectividad del SARS-CoV-2.[15]​ Las mutaciones por región genómica son las siguientes:[16]​

  • Proteína de la espícula: A67V. Δ69-70. T95I. G142D. Δ143-145. Δ211. L212I. ins214EPE. G339D. S371L. S373P. S375F. K417N. N440K. G446S. S477N. T478K. E484A. Q493R. G496S. Q498R. N501Y. Y505H. T547K. D614G. H655Y. N679K. P681H. N764K. D796Y. N856K. Q954H. N969K. L981F
  • ORF1ab:
    • nsp3: K38R. V1069I. Δ1265. L1266I. A1892T
    • nsp4: T492I
    • nsp5: P132H
    • nsp6: Δ105-107. A189V
    • nsp12: P323L
    • nsp14: I42V
  • Proteína nucleocápside:P13L. Δ31-33. R203K. G204R

Historia

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Artículo principal: Anexo:Cronología de la variante ómicron del SARS-CoV-2

Una persona positiva viajó a Hong Kong proveniente de Sudáfrica[17]​. Se identificó un caso confirmado en Israel de un viajero que regresaba de Malaui.[18]​ junto con dos que regresaron de Sudáfrica y uno de Madagascar. Se detectó otro caso en Bélgica de una joven que viajó a Egipto (donde aparentemente adquirió la infección) e hizo escala en Turquía.[19]​[20]​

Varios investigadores afirman que la vacuna de Pfizer-BioNTech contra la COVID-19 protege contra la variante ómicron.[21]​[22]​

Impacto clínico

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Para diciembre del 2021, diferentes investigaciones han señalado que la variante posee una mayor capacidad de transmisión incluso en la población previamente infectada por COVID-19.[23]​ Estos datos han sido extrapolados en base al patrón epidemiológico de infección observado en Sudáfrica durante el último trimestre del 2021. En cuanto al grado de severidad de la enfermedad. en base a los mismos datos previamente descrito se hipotetiza que los pacientes presentan cuadros clínicos más leves.[23]​ En un estudio realizado por la Facultad de Medicina de la Universidad de Hong Kong se encontró que la variante ómicron se reproduce con facilidad en los bronquios pero pobremente en los pulmones.[24]​ Si bien la capacidad de infección es menos eficiente en los pulmones, una carga viral más alta puede empeorar la respuesta inmunitaria.[25]​

En relación con la capacidad de la variante de escapar al efecto de las vacunas, un pequeño estudio[26]​ mostró una disminución de hasta 41 veces en cuanto a la formación de anticuerpos neutralizantes en relación con la vacuna Pfizer-BioNTech. Para el 12 de diciembre aún no se cuenta con mayor información en relación con el resto de vacunas.

En España, en la semana del 6 al 12 de diciembre de 2021 se comprobó mediante secuenciación de muestras aleatoria del virus en contagiados que el 47.2 % de las muestras correspondían a la variante ómicron.[27]​ Las muestras de ómicron en la semana del 29 de noviembre al 5 de diciembre de 2021 fueron del 3.4 %. De esta forma se sigue apuntando a las hipótesis iniciales de la mayor capacidad de propagación de esta variante respecto a la delta.

El 3 de diciembre el subsecretario de prevención y promoción de la salud de México, Hugo López-Gatel confirmó que la variante ómicron ya se encontraba en México[28]​. Para el 21 de diciembre se indicó que había al menos 23 casos confirmados de la variante en el territorio mexicano.[29]​

Síntomas

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No se han asociado síntomas inusuales con la variante y, al igual que con otras variantes, algunos individuos que cursan la infección son asintomáticos.[30]​[31]​

  • No presentan pérdida de olfato ni de gusto, síntoma hasta ahora característico entre los infectados por coronavirus.
  • Como principal característica los contagiados presentan secreción nasal y dolor de cabeza
  • En España, los pacientes contagiados de COVID-19 con la variante ómicron, son episodios de sudores nocturnos, como brotes de sudoración repentina, síntoma que no se había registrado hasta ahora.[32]​

Estadísticas

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Casos registrados al 22 de julio de 2022 (UTC).[33]​ Datos del rastreador de variantes.[34]​[35]​

Actualizado el 22 de julio de 2022

Territorios Confirmados Fallecidos Fecha de detección Referencia
  Estados Unidos 3 412 726 705 01/12/2021 [35]​
  Reino Unido 1 690 189 563 25/12/2021 [36]​
Alemania  Alemania 442 625 53 27/11/2021 [34]​
Dinamarca  Dinamarca 199 006 31 28/11/2021 [37]​
Noruega  Noruega 107 849 1 01/12/2021 [38]​
  Sudáfrica 84 890 110 26/11/2021 [34]​
  Francia 114 294 2 02/12/2021 [39]​
Canadá  Canadá 102 134 2 28/11/2021 [40]​
Austria  Austria 77 779 535 28/11/2021 [34]​
México  México 71 651 20 03/12/2021 [41]​
  Australia 53 640 1 28/11/2021 [42]​
  Argentina 11 961 245 05/12/2021 [43]​
  Israel 7 007 5 23/11/2021 [34]​
  India 14 668 5 02/12/2021 [44]​
  Tailandia 10 457 1 06/12/2021 [45]​
Singapur  Singapur 8 313 8 16/12/2021 [46]​
Brasil  Brasil 10 534 45 30/11/2021 [47]​
Suecia  Suecia 25 019 1 29/11/2021 [48]​
Suiza  Suiza 4 865 134 01/12/2021 [34]​
Estonia  Estonia 4 426 - 30/11/2021 [49]​
España  España 99 652 31 29/11/2021 [34]​
Italia  Italia 12 992 46 27/11/2021 [50]​
  Bélgica 3 405 - 22/11/2021 [34]​
Japón  Japón 11 251 69 30/11/2021 [51]​
Países Bajos  Países Bajos 11 834 41 28/11/2021 [34]​
  Irlanda 4 028 10 01/12/2021 [52]​
Turquía  Turquía 3 631 3 12/12/2021 [53]​
Eslovenia  Eslovenia 1 782 1 13/12/2021 [34]​
Corea del Sur  Corea del Sur 1 663 338 1/12/2021 [54]​
Chile  Chile 1 709 28 04/12/2021 [55]​
Indonesia  Indonesia 1 223 3 16/12/2021 [56]​
  Portugal 2 877 3 29/11/2021 [57]​
Jordania  Jordania 3 294 4 14/12/2021 [34]​
Perú  Perú 1 143 - 19/12/2021 [58]​
Georgia  Georgia 1 096 28 21/12/2021 [34]​
Puerto Rico  Puerto Rico 984 20 14/12/2021 [34]​
  Botsuana 6 416 10 11/11/2021 [34]​
Namibia  Namibia 1 233 73 25/11/2021 [59]​
Letonia  Letonia 828 4 08/12/2021 [34]​
Filipinas  Filipinas 9 182 17 16/12/2021 [34]​
Kenia  Kenia 569 - 11/12/2021 [34]​
Ecuador  Ecuador 1 179 6 14/12/2021 [60]​
Irán  Irán 636 - 21/12/2021 [34]​
Luxemburgo  Luxemburgo 10 924 34 03/12/2021 [34]​
Líbano  Líbano 2 791 1 11/12/2021 [34]​
República Checa  República Checa 2 070 17 27/11/2021 [61]​
Finlandia  Finlandia 2 126 10 02/12/2021 [62]​
Malasia  Malasia 2 204 7 03/12/2021 [63]​
Polonia  Polonia 17 280 5 17/12/2021 [34]​
  Hong Kong 265 1 18/11/2021 [64]​
Bermudas  Bermudas 279 15 19/12/2021 [34]​
  Gibraltar 263 - 17/12/2021 [65]​
Islandia  Islandia 233 - 02/12/2021 [66]​
Rusia  Rusia 10 051 2 06/12/2021 [67]​
Rumania  Rumania 2 852 11 04/12/2021 [68]​
Nueva Zelanda  Nueva Zelanda 9 771 15 16/12/2021 [69]​
Cabo Verde  Cabo Verde 321 1 31/12/2021 [34]​
Suazilandia  Suazilandia 200 - 16/01/2022 [34]​
Yibuti  Yibuti 389 2 03/01/2022 [34]​
Ghana  Ghana 167 21 01/12/2021 [34]​
Nigeria  Nigeria 250 2 01/12/2021 [70]​
Lituania  Lituania 159 23 15/12/2021 [71]​
Guayana Francesa  Guayana Francesa 532 14 30/12/2021 [34]​
Pakistán  Pakistán 380 3 10/12/2021 [34]​
Palestina  Palestina 195 5 16/12/2021 [34]​
Camboya  Camboya 318 - 16/12/2021 [72]​
Colombia  Colombia 131 - 31/12/2021 [73]​
Marruecos  Marruecos 123 - 15/12/2021 [74]​
  Zambia 107 2 04/12/2021 [75]​
  Uruguay 163 25 07/01/2022 [34]​
Sri Lanka  Sri Lanka 235 1 03/12/2021 [76]​
Cuba  Cuba 123 - 10/12/2021 [34]​
Malta  Malta 91 - 31/12/2021 [34]​
  Taiwán 94 - 05/01/2022 [34]​
  Bulgaria 486 - 05/01/2022 [34]​
Guam  Guam 153 10 29/12/2021 [34]​
Costa de Marfil  Costa de Marfil 78 - 04/01/2022 [77]​
Chipre  Chipre 75 - 14/12/2021 [34]​
Costa Rica  Costa Rica 1 840 2 20/12/2021 [78]​
República Centroafricana  República Centroafricana 164 1 19/01/2022 [34]​
Hungría  Hungría 68 - 13/12/2021 [34]​
Moldavia  Moldavia 621 17 11/01/2022 [79]​
Gambia  Gambia 114 - 04/01/2022 [34]​
Malaui  Malaui 217 5 30/11/2021 [34]​
  San Martín 479 6 05/01/2022 [34]​
  Islas Vírgenes de los Estados Unidos 857 12 14/01/2022 [34]​
Palaos  Palaos 231 - 01/02/2022 [34]​
Zimbabue  Zimbabue 716 1 02/12/2021 [80]​
Kiribati  Kiribati 75 - 02/02/2022 [34]​
Uganda  Uganda 46 - 02/12/2021 [34]​
Afganistán  Afganistán 80 - 17/12/2021 [34]​
  Islas Caimán 44 6 27/12/2021 [34]​
Liechtenstein  Liechtenstein 44 3 09/12/2021 [34]​
Islas Salomón  Islas Salomón 105 1 24/01/2022 [34]​
  Granada 66 - 06/01/2022 [34]​
  Sudán del Sur 77 1 03/01/2022 [34]​
Grecia  Grecia 109 22 02/12/2021 [81]​
Belice  Belice 121 - 06/01/2022 [34]​
  San Martín 320 4 18/12/2021 [34]​
Vietnam  Vietnam 203 4 24/12/2021 [34]​
Mozambique  Mozambique 42 3 05/12/2021 [34]​
Senegal  Senegal 136 5 05/12/2021 [34]​
  Bonaire 164 1 09/01/2022 [34]​
Antártida  Antártida 35 - 28/01/2022 [34]​
  Tonga 230 1 07/02/2022 [34]​
Nepal  Nepal 535 7 06/12/2021 [34]​
Kazajistán  Kazajistán 29 - 14/12/2021 [34]​
Bolivia  Bolivia 27 - 22/12/2021 [34]​
Panamá  Panamá 886 7 26/12/2021 [34]​
  Reunión 1 726 10 29/11/2021 [34]​
Bosnia y Herzegovina  Bosnia y Herzegovina 178 1 29/12/2021 [82]​
China  China 658 683 09/12/2021 [34]​
  Mauricio 910 1 15/12/2021 [34]​
República del Congo  República del Congo 82 1 01/01/2022 [34]​
Trinidad y Tobago  Trinidad y Tobago 157 - 13/12/2021 [83]​
  Angola 17 1 31/12/2021 [34]​
Argelia  Argelia 35 1 15/12/2021 [34]​
Camerún  Camerún 88 4 28/12/2021 [34]​
Irak  Irak 62 3 06/01/2022 [84]​
  Mauritania 14 - 06/01/2022 [34]​
Guinea  Guinea 221 3 01/01/2022 [34]​
Azerbaiyán  Azerbaiyán 44 1 10/01/2022 [85]​
Kuwait  Kuwait 27 - 08/12/2021 [34]​
Etiopía  Etiopía 12 - 06/01/2022 [34]​
Bangladés  Bangladés 705 - 15/12/2021 [34]​
Maldivas  Maldivas 268 4 07/12/2021 [34]​
Macedonia del Norte  Macedonia del Norte 50 1 27/12/2021 [34]​
Túnez  Túnez 45 6 06/12/2021 [34]​
Brunéi  Brunéi 33 - 22/12/2021 [34]​
Omán  Omán 31 1 14/12/2021 [34]​
Kosovo  Kosovo 264 4 25/12/2021 [34]​
Croacia  Croacia 15 222 70 06/12/2021 [34]​
Montenegro  Montenegro 31 - 17/12/2021 [34]​
Venezuela  Venezuela 73 2 23/12/2021 [34]​
Curazao  Curazao 226 1 03/01/2022 [34]​
Madagascar  Madagascar 69 - 26/12/2021 [34]​
Ruanda  Ruanda 194 4 16/12/2021 [34]​
Ucrania  Ucrania 100 2 18/12/2021 [86]​
Martinica  Martinica 558 14 07/01/2022 [34]​
Guinea-Bisáu  Guinea-Bisáu 68 - 07/01/2022 [34]​
San Bartolomé  San Bartolomé 21 - 01/01/2022 [34]​
  Togo 30 - 05/01/2022 [34]​
Guadalupe  Guadalupe 29 - 08/01/2022 [87]​
Bielorrusia  Bielorrusia 76 6 02/01/2022 [34]​
  Birmania 40 2 23/12/2021 [34]​
Catar  Catar 300 1 04/01/2022 [34]​
Comoras  Comoras 3 - 07/01/2022 [34]​
  Mayotte 131 - 06/01/2022 [34]​
Egipto  Egipto 58 1 18/12/2021 [34]​
Liberia  Liberia 62 1 26/12/2021 [34]​
Barbados  Barbados 30 5 01/01/2022 [34]​
Eslovaquia  Eslovaquia 15 561 1 08/12/2021 [34]​
Paraguay  Paraguay 132 - 26/12/2021 [34]​
Fiyi  Fiyi 45 1 08/12/2021 [34]​
  Turkmenistán 2 - 09/01/2022 [34]​
Armenia  Armenia 54 2 25/12/2021 [34]​
San Cristóbal y Nieves  San Cristóbal y Nieves 18 6 02/01/2022 [34]​
Libia  Libia 4 - 02/01/2022 [34]​
  Mongolia 121 2 08/01/2022 [34]​
Seychelles  Seychelles 304 2 07/01/2022 [34]​
Burkina Faso  Burkina Faso 24 1 02/01/2022 [34]​
San Vicente y las Granadinas  San Vicente y las Granadinas 62 1 04/01/2022 [34]​
Surinam  Surinam 130 10 28/12/2021 [34]​
Arabia Saudita  Arabia Saudita 46 3 1/12/2021 [88]​
Emiratos Árabes Unidos  Emiratos Árabes Unidos 2 - 1/12/2021 [35]​
Sierra Leona  Sierra Leona 5 - 09/12/2021 [34]​
Baréin  Baréin 1 - 15/12/2021 [34]​
Emiratos Árabes Unidos  Emiratos Árabes Unidos 2 - 15/12/2021 [89]​
Anguila  Anguila 14 1 27/12/2021 [34]​
Aruba  Aruba 63 2 24/12/2021 [34]​
República Dominicana  República Dominicana 105 - 31/12/2021 [34]​
Papúa Nueva Guinea  Papúa Nueva Guinea 539 7 02/01/2022 [34]​
República Democrática del Congo  República Democrática del Congo 80 - 09/01/2022 [34]​
Tanzania  Tanzania 5 - 02/01/2022 [34]​
Albania  Albania 2 1 01/01/2022 [34]​
  Jamaica 931 5 05/01/2022 [34]​
Serbia  Serbia 81 - 01/01/2022 [34]​
Antigua y Barbuda  Antigua y Barbuda 36 - 07/01/2022 [90]​
Laos  Laos 1 - 07/01/2022 [34]​
Corea del Norte  Corea del Norte 53 10 12/01/2022 [91]​
Mali  Mali 1 - 13/01/2022 [34]​
Guinea Ecuatorial  Guinea Ecuatorial 26 - 24/12/2021 [34]​
  Islas Vírgenes Británicas 36 - 14/01/2022 [34]​
Gabón  Gabón 48 - 04/01/2022 [34]​
Benín  Benín 83 - 07/01/2022 [34]​
Andorra  Andorra 129 - 12/01/2022 [34]​
Timor Oriental  Timor Oriental 113 - 15/01/2022 [34]​
Lesoto  Lesoto 15 - 12/01/2022 [34]​
Santa Lucía  Santa Lucía 16 - 13/01/2022 [34]​
Haití  Haití 75 - 12/01/2022 [34]​
Nauru  Nauru 5 - 15/01/2022 [34]​
Polinesia Francesa  Polinesia Francesa 19 - 11/01/2022 [34]​
  Tuvalu 2 - 16/01/2022 [34]​
Bután  Bután 14 - 18/01/2022 [34]​
Guyana  Guyana 61 - 17/01/2022 [34]​
Honduras  Honduras 463 - 15/01/2022 [34]​
Yemen  Yemen 47 - 01/02/2022 [34]​
Samoa Americana  Samoa Americana 35 - 09/02/2022 [34]​
Burundi  Burundi 24 - 09/02/2022 [34]​
Uzbekistán  Uzbekistán 1 - 11/02/2022 [34]​
Islas Marshall  Islas Marshall 68 - 10/02/2022 [34]​
Micronesia  Micronesia 11 - 10/02/2022 [34]​
Dominica  Dominica 1 - 11/02/2022 [34]​
Nueva Caledonia  Nueva Caledonia 31 - 27/02/2022 [34]​
Mónaco  Mónaco 1 - 14/02/2022 [34]​
Montserrat  Montserrat 1 - 18/02/2022 [34]​
  Sudán 125 - 01/03/2022 [34]​
El Salvador  El Salvador 84 - 05/03/2022 [34]​
Islas Marianas del Norte  Islas Marianas del Norte 90 - 04/03/2022 [34]​
Bahamas  Bahamas 37 - 02/03/2022 [34]​
Kirguistán  Kirguistán 255 1 14/12/2021 [34]​
  Chad 16 - 11/03/2022 [34]​
Vanuatu  Vanuatu 28 - 15/03/2022 [34]​
  Isla de Pascua 25 - 20/03/2022 [34]​
  Somalia 1 - 19/03/2022 [34]​
  Ciudad del Vaticano 3 - 18/03/2022 [34]​
  San Eustaquio 21 - 24/03/2022 [34]​
  San Marino 54 - 03/03/2022 [34]​
Siria  Siria 102 - 01/03/2022 [34]​
Samoa  Samoa 86 - 25/03/2022 [34]​
Eritrea  Eritrea 10 - 21/03/2022 [34]​
  Santo Tomé y Príncipe 13 - 26/03/2022 [34]​
Guatemala  Guatemala 33 - 24/03/2022 [34]​
  Wallis y Futuna 11 - 25/03/2022 [34]​
  Tayikistán 5 - 21/03/2022 [34]​
Islas Cook  Islas Cook 57 - 04/03/2022 [34]​
Nicaragua  Nicaragua 4 - 05/05/2022 [34]​
Níger  Níger 3 - 07/05/2022 [34]​
  Total de casos confirmados a nivel global 6 557 650 4 522 - -

Medidas

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  • Se han vetado los vuelos desde Sudáfrica. Namibia. Lesoto. Esuatini. Zambia. Zimbabue. Botsuana. Mozambique y Tanzania. También se irán incluyendo todos los países de África según se vayan detectando un caso o más de esta variante. además de a su lista roja de destinos de viaje.
  • Además exigen estricto esquema de vacunación completo y PCR negativo de todos los países que se hayan detectado casos de ómicron (linaje B.1.1.529).
  • Japón ha prohibido el nuevo ingreso a todos los extranjeros a partir del 30 de noviembre del 2021.[92]​
  • México cancela conciertos de fin de año de Los Ángeles Azules y verbena navideña para evitar contagios.
  • Estados Unidos cancela miles de vuelos en las aerolíneas, se genera una gran pérdida económica.

Véase también

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Referencias

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Enlaces externos

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