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Con autorización del rey Felipe IV, el arzobispo de Santa Fe, fray Cristóbal de Torres, fundó en 1653 el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario.​ Fue la tercera universidad más antigua de Colombia, detrás de la Pontificia Universidad Javeriana fundada en 1623 (la segunda más antigua) y de la Universidad Santo Tomás, de 1580​. El Rosario es la única que no ha interrumpido su actividad​​.