TreeBASE
TreeBASE [1] fue un proyecto de repositorio de datos filogenéticos extraídos de las publicaciones en revistas científicas. En los estudios filogenéticos, se recopilaron y generaron datos de investigación tales como observaciones comparativas (por ejemplo, matrices de estados de caracteres o alineamiento múltiple de secuencias) realizadas sobre un conjunto de taxones, metadatos sobre estos taxones y los árboles filogenéticos que se inferían para describir mejor las relaciones evolutivas entre los taxones.
| TreeBASE | ||
|---|---|---|
| Tipo | base de datos, repositorio de datos y base de datos biológica | |
| Sitio web | treebase.org | |
Misión
editarEl propósito del proyecto TreeBASE fue proporcionar registros estables e identificadores para estos datos, de modo que otros trabajadores puedan hacer referencia a sus datos depositados en su publicación, y otros científicos puedan localizar los datos y usarlos para verificar la investigación original o incluirlos o ampliarlos en análisis posteriores.
Historia y financiación
editarEl proyecto se inició en 1994, [2][3] con financiación de la Fundación Nacional de Ciencias de Estados Unidos. A partir de este prototipo se inició un rediseño en el marco del proyecto CIPRES. [4] Esta nueva versión se lanzó en marzo de 2010 y ha sido apoyada, entre otros, por el proyecto pPOD, [5] que financió la adición de una interfaz de servicio web RESTful con facilidades de búsqueda CQL, [6] y el Centro Nacional de Síntesis Evolutiva (NESCent), que albergó la base de datos y el servidor web.
A partir del invierno de 2010, TreeBASE se reorganizó y se asoció con la Phyloinformatics Research Foundation [7] En 2022, TreeBASE se desconectó debido a problemas de seguridad que no se pudieron solucionar con los recursos del proyecto, por lo que el futuro de la base de datos es incierto. [8]
Referencias
editar- ↑ «TreeBASE». Consultado el 5 de abril de 2011.
- ↑ Sanderson, M. J.; M. J. Donoghue; W. Piel; T. Eriksson (1994). «TreeBASE: a prototype database of phylogenetic analyses and an interactive tool for browsing the phylogeny of life». American Journal of Botany 81 (6): 183.
- ↑ Piel, W. H.; M. J. Donoghue; M. J. Sanderson (2002). «TreeBASE: a database of phylogenetic knowledge». To the Interoperable "Catalog of Life" with Partners Species 2000 Asia Oceanea. Research Report from the National Institute for Environmental Studies (171): 41-47.
- ↑ «CyberInfrastructure for Phylogenetic Research». Consultado el 5 de abril de 2011.
- ↑ «processing PhylOData». Consultado el 5 de abril de 2011.
- ↑ Vos, Rutger A.; Hilmar Lapp; William H. Piel; Val Tannen (2010). «TreeBASE2: Rise of the Machines». Nature Precedings. doi:10.1038/npre.2010.4600.
- ↑ «Phyloinformatics Research Foundation». Consultado el 5 de abril de 2011.
- ↑ «Thoughts on TreeBASE dying(?)». 11 de mayo de 2022. Consultado el 16 de mayo de 2022.
Datos: Q17103624
