StarBase (base de datos biológica)
StarBase es una base de datos biológica[1] para decodificar Micro ARN - ARN mensajero , Long non-coding RNA,[2] Micro ARN - sncRNA , Micro ARN-Circular RNA, Micro ARN - Pseudogén, proteína-Long non-coding RNA,[3] proteína-ARN no codificante, interacciones proteína-ARN mensajero y redes ceRNA de CLIP-Seq ( HITS-CLIP , PAR-CLIP , iCLIP , CLASH)[4] y datos de secuenciación degradome.[5]
| StarBase | ||
|---|---|---|
 | ||
| Tipo | base de datos biológica | |
| Campo | micro ARN, ARN mensajero, long non-coding RNA, ARN no codificante y seudogén | |
| Industria | biotecnología | |
| Sitio web | starbase.sysu.edu.cn | |
Información
editarStarBase proporciona herramientas web miRFunction y ceRNAFunction[6] para predecir la función de ARN no codificante (Micro ARN,[7] Long non-coding RNA, Pseudogén)[8] y genes que codifican proteínas de las redes reguladoras de Micro ARN y ceRNA .[4] StarBase también desarrolló Pan-Cancer Analysis Platform para descifrar las redes de análisis Pan-Cancer de lncRNA, miRNA, ceRNA y proteínas de unión a ARN (RBP) mediante la extracción de perfiles clínicos y de expresión de 14 tipos de cáncer (incluidas más de seis mil muestras) del Portal de datos del Atlas del genoma del cáncer (TCGA) .[9]
Véase también
editarReferencias
editar- ↑ Yang, Jian-Hua; Li, Jun-Hao; Shao, Peng; Zhou, Hui; Chen, Yue-Qin; Qu, Liang-Hu (2011-1). «starBase: a database for exploring microRNA–mRNA interaction maps from Argonaute CLIP-Seq and Degradome-Seq data». Nucleic Acids Research 39 (Database issue): D202-D209. ISSN 0305-1048. PMC 3013664. PMID 21037263. doi:10.1093/nar/gkq1056. Consultado el 31 de mayo de 2021.
- ↑ https://academic.oup.com/nar/article/39/suppl_1/D202/2506133
- ↑ https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21037263/
- ↑ a b «ENCORI: The Encyclopedia of RNA Interactomes.». starbase.sysu.edu.cn. Consultado el 31 de mayo de 2021.
- ↑ «Copia archivada». Archivado desde el original el 22 de septiembre de 2013. Consultado el 31 de mayo de 2021.
- ↑ «Copia archivada». Archivado desde el original el 22 de septiembre de 2013. Consultado el 31 de mayo de 2021.
- ↑ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3964941
- ↑ «Pan-Cancer ceRNA Regulatory Network. starBase: decoding miRNA-target, miRNA-ceRNA and protein-RNA interaction maps from CLIP-Seq(PAR-CLIP, HITS-CLIP, iCLIP, CLASH) data». web.archive.org. 15 de marzo de 2014. Archivado desde el original el 15 de marzo de 2014. Consultado el 31 de mayo de 2021.
- ↑ «starBase: A database for exploring miRNA-mRNA interaction maps from CLIP-Seq and Degradome-Seq data». web.archive.org. 22 de febrero de 2011. Archivado desde el original el 22 de febrero de 2011. Consultado el 31 de mayo de 2021.
Datos: Q7600527
