La temporada 2006-07 de la Segunda División de Costa Rica fue la edición 85° del torneo de liga de fútbol de dicho país, iniciando en agosto de 2006 y finalizando en mayo de 2007.
En la fase de clasificación se observará el sistema de puntos. La ubicación en la tabla general está sujeta a lo siguiente:
Por juego ganado se obtendrán tres puntos.
Por juego empatado se obtendrá un punto.
Por juego perdido no se otorgan puntos.
En esta fase participan los 22 clubes de la Segunda División jugando en cada torneo todos contra todos durante las 14 jornadas respectivas, a visita recíproca.
El orden de los clubes al final de la fase de calificación del torneo corresponderá a la suma de los puntos obtenidos por cada uno de ellos y se presentará en forma descendente. Si al finalizar las 14 jornadas del torneo, dos o más clubes estuviesen empatados en puntos, su posición en la tabla general será determinada atendiendo a los siguientes criterios de desempate:
Mayor diferencia positiva general de goles. Este resultado se obtiene mediante la sumatoria de los goles anotados a todos los rivales, en cada campeonato menos los goles recibidos de estos.
Mayor cantidad de goles a favor, anotados a todos los rivales dentro de la misma competencia.
Mejor puntuación particular que hayan conseguido en las confrontaciones particulares entre ellos mismos.
Mayor diferencia positiva particular de goles, la cual se obtiene sumando los goles de los equipos empatados y restándole los goles recibidos.
Mayor cantidad de goles a favor que hayan conseguido en las confrontaciones entre ellos mismos.
Como última alternativa, el ente organizador realizaría un sorteo para el desempate.
Al término de las 14 jornadas en la primera fase, los dos equipos mejores ubicados de cada grupo, más los dos mejores terceros disputan la cuadrangular, y el equipo que obtenga el liderato se asegura un puesto en la final del torneo. En total se desarrollarán 6 fechas de visita recíproca.
El conjunto campeón del torneo recibirá medio pase para jugar un repechaje por el ascenso a la Primera División. Sin embargo, si el club logra triunfar en los dos torneos no sería necesaria una final, proclamándose ascendido automáticamente.