La Primera División de Andorra 1998-99 (oficialmente y en catalán: Primera Divisió de Andorra 1998-99) fue la 4ta edición del campeonato de la máxima categoría de fútbol del Principado de Andorra. Estuvo organizada por la Federación Andorrana de Fútbol y fue disputada por 12 equipos. Comenzó el 4 de octubre de 1998 y finalizó el 31 de mayo de 1999.
Principat se alzó con el título a dos fechas del cierre del certamen después de vencer fuera de casa a FC Santa Coloma por 2-0, y se transformó así en el primer tricampeón en la historia de la Primera División andorrana. Como novedad, se instauró el sistema de ascensos y descensos, producto del establecimiento de una segunda división que comenzaría a jugarse desde la temporada 1999-2000. Por este motivo, los cuatro últimos clasificados, que fueron Francfurt Cerni, Engolasters, Deportivo La Massana y Gimnàstic Valira, perdieron la categoría.
El campeonato constó de una sola fase, en la que los doce equipos se enfrentaron entre sí bajo el sistema de todos contra todos a dos ruedas, completando un total de 22 fechas. El equipo con mayor cantidad puntos al final de la temporada se consagró campeón y accedió a la ronda previa de la Copa de la UEFA 1999-2000. Por otro lado, los últimos cuatro clasificados descendieron directamente a la Segunda División.
Las clasificación se estableció a partir de los puntos obtenidos en cada encuentro, otorgando tres por partido ganado, uno por empatado y ninguno en caso de derrota. En caso de igualdad de puntos entre dos o más equipos, se aplicaron, en el mencionado orden, los siguientes criterios de desempate:
Mayor cantidad de puntos en los partidos entre los equipos implicados;
Mejor diferencia de goles en los partidos entre los equipos implicados;
Mayor cantidad de goles a favor en los partidos entre los equipos implicados;
Mejor diferencia de goles en toda la temporada;
Mayor cantidad de goles a favor en toda la temporada.
PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles a favor; GC = Goles en contra; Dif = Diferencia de gol; Pts = Puntos
↑Se le descontaron 3 puntos por no presentarse a jugar su partido ante Francfurt Cerni por la 22ª jornada.
↑El partido estaba programado para el 30 de mayo de 1999, pero no se disputó ya que Engolasters no se presentó. Nunca se jugó y se le dio por ganado a Francfurt Cerni con un resultado de 3-0.