Pool-seq
Pool-seq es una estrategia de secuenciación de próxima generación (NGS, por sus siglas en inglés Next Generation Sequencing) muy utilizada en estudios de genética de poblaciones.
Es una opción alternativa a la secuenciación individual de una gran cantidad de individuos. Mediante esta técnica se combina el ADN de grupos de individuos para la secuenciación conjunta, lo cual es más rentable económicamente y permite reducir el tiempo de los análisis.
Sin embargo, la combinación de ADN genera nuevos problemas y desafíos para la estimación precisa de la frecuencia de alelos y para encontrar nuevas variantes. En particular, los errores de secuenciación se confunden con los alelos presentes a baja frecuencia en los conjuntos, lo que posiblemente da lugar a falsos positivos en las variantes alélicas.[1]
La técnica de Pool-seq se ha adaptado para estudios de ARN-seq. Para ello se han desarrollado técnicas como la 3'Pool-seq: un método de ARN-seq simple, rentable y escalable que se centra en la secuenciación en el extremo 3' del ARNm.[2]
Aplicaciones
editarSe ha utilizado la estrategia Pool-seq para la resecuenciación agrupada de genoma completo de Rhagoletis pomonella. En este estudio se agruparon 20 individuos para cada réplica para analizar diferencias de expresión durante la diapausa y encontrar variantes poligénicas implicadas en la tasa de desarrollo de R. pomonella.[3]
Véase también
editarReferencias
editar- ↑ Anand, Santosh; Mangano, Eleonora; Barizzone, Nadia; Bordoni, Roberta; Sorosina, Melissa; Clarelli, Ferdinando; Corrado, Lucia; Martinelli Boneschi, Filippo et al. (30 de septiembre de 2016). «Next Generation Sequencing of Pooled Samples: Guideline for Variants’ Filtering». Scientific Reports (en inglés) 6 (1): 33735. ISSN 2045-2322. doi:10.1038/srep33735. Consultado el 29 de diciembre de 2020.
- ↑ Sholder, Gabriel; Lanz, Thomas A.; Moccia, Robert; Quan, Jie; Aparicio-Prat, Estel; Stanton, Robert; Xi, Hualin S. (20 de enero de 2020). «3'Pool-seq: an optimized cost-efficient and scalable method of whole-transcriptome gene expression profiling». BMC genomics 21 (1): 64. ISSN 1471-2164. PMC 6971924. PMID 31959126. doi:10.1186/s12864-020-6478-3. Consultado el 30 de diciembre de 2020.
- ↑ Dowle, Edwina J.; Powell, Thomas H. Q.; Doellman, Meredith M.; Meyers, Peter J.; Calvert, McCall B.; Walden, Kimberly K. O.; Robertson, Hugh M.; Berlocher, Stewart H. et al. (22 de septiembre de 2020). «Genome-wide variation and transcriptional changes in diverse developmental processes underlie the rapid evolution of seasonal adaptation». Proceedings of the National Academy of Sciences (en inglés) 117 (38): 23960-23969. ISSN 0027-8424. PMID 32900926. doi:10.1073/pnas.2002357117. Consultado el 30 de diciembre de 2020.
Datos: Q109312075
