Cuando, en 1613, la familia del príncipe elector de Brandeburgo, los Hohenzollern de Berlín, se pasó del luteranismo al calvinismo (en alemán normalmente: Reformed Church; en inglés: Presbyterian Church. Presbyterian Church), todas las iglesias parroquiales de Berlín, que entonces estaban bajo el patrocinio y la advocación del ayuntamiento luterano, siguieron siendo luteranas. Así, solo la Colegiata y el Palacio de Cölln, la iglesia de la corte, se consagró como lugar de culto reformado.
Sin embargo, debido sobre todo a la inmigración, creció el número de berlineses de habla alemana de confesión reformada que no trabajaban en la corte ni pertenecían a ella, por lo que se hizo necesaria una iglesia parroquial separada para ellos, a diferencia de la Iglesia Reformada de Palacio. La Parochialkirche fue la primera y luego única iglesia reformada para los feligreses reformados de habla corriente de Berlín, de ahí su nombre indiferenciado. Como iglesia reformada, la Parochialkirche no está dedicada ni consagrada a ningún santo patrón. La iglesia se erigió en la calle Klosterstraße, en la esquina con Freier Fahrweg (rebautizada Parochialstraße en 1862),[1] ya que los terrenos a lo largo de dicha calle formaban entonces un distrito de inmunidad príncipe-electoral (kurfürstliche Freiheit), no sometido a la legislación del ayuntamiento luterano, con el fin de eludir la objeción del ayuntamiento contra su construcción.
El bombardeo del 24 de mayo de 1944 destruyó por completo la torre y el interior de la iglesia. En 1946 se construyó un suelo provisional desde el porche hasta el interior de la iglesia, que no se pudo asegurar estructuralmente hasta 1950-1951. Fritz Kühn hizo una cruz con chatarra encontrada en las ruinas, que se colgó en el santuario en 1961. El último servicio religioso se celebró en el edificio el 20 de agosto de 1961 y, durante el resto de la era de Berlín Este, se utilizó para exposiciones y conciertos, y después (a partir de 1970) como almacén de muebles. En 1988 se construyó un nuevo tejado. A partir de 1991, el edificio se restauró gradualmente. Las obras del pórtico y la torre se aplazaron en 2001 y las de la nave en 2004.
En verano de 2016, la cúpula del campanario con el sol dorado fue restaurada después de 72 años y, desde el 23 de octubre de 2016, el carillón con 52 campanas suena desde la torre de 65 m de la Parochialkirche.[2]