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Anexo:Endonucleasas homing de restricción

(Redirigido desde «Lista de endonucleasas de restricción "caseras"»)
Leyenda de bases nitrogenadas
Código Nucleótido representado
A Adenina (A)
C Citosina (C)
G Guanina (G)
T Timina (T)
N A, C, G or T
M A or C
R A or G
W A or T
Y C or T
S C or G
K G or T
H A, C or T
B C, G or T
V A, C or G
D A, G or T

Las endonucleasas homing son un tipo especial de enzimas de restricción codificadas por intrones o inteínas, que actúan sobre el DNA de la propia célula que las sintetiza.[1]​

Para más información, consultar el artículo principal endonucleasas homing.

Lista de endonucleasas homing de restricción

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En esta lista se incluyen algunos de los ejemplos más estudiados, detallándose los siguientes conceptos:

  • Enzima: Nombre de la enzima, según la nomenclatura aceptada y adoptada internacionalmente; y referencias bibliográficas correspondientes. (Para más detalles, consultar la sección Nomenclatura del artículo endonucleasas homing.)
  • SF: Familia estructural: una de las cuatro familias determinadas para esta clase de proteínas, sobre la base de sus motivos compartidos: HI: familia LAGLIDADG – HII: familia GIY-YIG – HIII: familia H-N-H – HIV: familia His-Cys box. (Para más detalles, consultar la sección Familias estructurales del artículo endonucleasas homing.)
  • Código PDB: Código empleado para identificar la estructura de la proteína en la base de datos «PDB». 
  • Origen: Organismo que genera la enzima de forma natural (o bien artificialmente si la enzima es sintética).
  • D: Dominio biológico del organismo origen: A: arqueas – B: bacterias – E: eucariotas.
  • LSC: Localización subcelular: cloro: cloroplastidial – crm: cromosomal – mito: mitocondrial – nuclear: nuclear extracromosomal – fago: bacteriofago.
  • Secuencia de reconocimiento: Secuencia de DNA que la enzima reconoce y a la que se une específicamente.
  • Secuencia de corte: Secuencia de corte y producto del corte. Normalmente la secuencia de reconocimiento y la de corte coinciden, pero en algunos casos esta última puede encontrarse docenas de nucleótidos alejada de la primera.


Enzima SF Código PDB Origen D LSC Secuencia de reconocimiento Secuencia de corte
I-AniI[2]​ HI 1P8K Aspergillus nidulans E mito 5' TTGAGGAGGTTTCTCTGTAAATAA
3' AACTCCTCCAAAGAGACATTTATT 		5' ---TTGAGGAGGTTTC   TCTGTAAATAA--- 3'
3' ---AACTCCTCC   AAAGAGACATTTATT--- 5'
I-CeuI[3]​[4]​[5]​[6]​ HI 2EX5 Chlamydomonas eugametos E cloro 5' TAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGA
3' ATTGATATTGCCAGGATTCCATCGCT 		5' ---TAACTATAACGGTCCTAA   GGTAGCGA--- 3'
3' ---ATTGATATTGCCAG   GATTCCATCGCT--- 5'
I-ChuI[7]​[8]​ HI Chlamydomonas humicola E cloro 5' GAAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATC
3' CTTCCAAACCGTGGAGCTACAGCCGAGTAG 		5' ---GAAGGTTTGGCACCTCG   ATGTCGGCTCATC--- 3'
3' ---CTTCCAAACCGTG   GAGCTACAGCCGAGTAG--- 5'
I-CpaI[8]​[9]​ HI Chlamydomonas pallidostigmata E cloro 5' CGATCCTAAGGTAGCGAAATTCA
3' GCTAGGATTCCATCGCTTTAAGT 		5' ---CGATCCTAAGGTAGCGAA   ATTCA--- 3'
3' ---GCTAGGATTCCATC   GCTTTAAGT--- 5'
I-CpaII[10]​ HI Chlamydomonas pallidostigmata E cloro 5' CCCGGCTAACTCTGTGCCAG
3' GGGCCGATTGAGACACGGTC 		5' ---CCCGGCTAACTC   TGTGCCAG--- 3'
5' ---GGGCCGAT   TGAGACACGGTC--- 3'
I-CreI[11]​ HI 1BP7 Chlamydomonas reinhardtii E cloro 5' CTGGGTTCAAAACGTCGTGAGACAGTTTGG
3' GACCCAAGTTTTGCAGCACTCTGTCAAACC 		5' ---CTGGGTTCAAAACGTCGTGA   GACAGTTTGG--- 3'
3' ---GACCCAAGTTTTGCAG   CACTCTGTCAAACC--- 5'
I-DmoI HI 1B24 Desulfurococcus mobilis A crm 5' ATGCCTTGCCGGGTAAGTTCCGGCGCGCAT
3' TACGGAACGGCCCATTCAAGGCCGCGCGTA 		5' ---ATGCCTTGCCGGGTAA   GTTCCGGCGCGCAT--- 3'
3' ---TACGGAACGGCC   CATTCAAGGCCGCGCGTA--- 5'
H-DreI[12]​ 1MOW Escherichia coli pI-DreI B 5' CAAAACGTCGTAAGTTCCGGCGCG
3' GTTTTGCAGCATTCAAGGCCGCGC 		5' ---CAAAACGTCGTAA   GTTCCGGCGCG--- 3'
3' ---GTTTTGCAG   CATTCAAGGCCGCGC--- 5'
I-HmuI[13]​[14]​ HIII 1U3E Bacillus subtilis fago SPO1 B fago 5' AGTAATGAGCCTAACGCTCAGCAA
3' TCATTACTCGGATTGCGAGTCGTT 		  Endonucleasa que corta en una sola hebra del DNA: *
  3' ---TCATTACTCGGATTGC   GAGTCGTT--- 5'
I-HmuII[14]​[15]​ HIII Bacillus subtilis fago SP82 B fago 5' AGTAATGAGCCTAACGCTCAACAA
3' TCATTACTCGGATTGCGAGTTGTT 		  Endonucleasa que corta en una sola hebra del DNA: *
  3' ---TCATTACTCGGATTGCGAGTTGTTN35   NNNN--- 5'
I-LlaI[16]​[17]​ HIII Lactococcus lactis B crm 5' CACATCCATAACCATATCATTTTT
3' GTGTAGGTATTGGTATAGTAAAAA 		5' ---CACATCCATAA   CCATATCATTTTT--- 3'
3' ---GTGTAGGTATTGGTATAGTAA   AAA--- 5'
I-MsoI 1M5X Monomastix sp. E 5' CTGGGTTCAAAACGTCGTGAGACAGTTTGG
3' GACCCAAGTTTTGCAGCACTCTGTCAAACC 		5' ---CTGGGTTCAAAACGTCGTGA   GACAGTTTGG--- 3'
3' ---GACCCAAGTTTTGCAG   CACTCTGTCAAACC--- 5'
PI-PfuI 1DQ3 Pyrococcus furiosus Vc1 A 5' GAAGATGGGAGGAGGGACCGGACTCAACTT
3' CTTCTACCCTCCTCCCTGGCCTGAGTTGAA 		5' ---GAAGATGGGAGGAGGG   ACCGGACTCAACTT--- 3'
3' ---CTTCTACCCTCC   TCCCTGGCCTGAGTTGAA--- 5'
PI-PkoII 2CW7 Pyrococcus kodakaraensis KOD1 A 5' CAGTACTACGGTTAC
3' GTCATGATGCCAATG 		5' ---CAGTACTACG  GTTAC--- 3'
3' ---GTCATG  ATGCCAATG--- 5'
I-PorI[18]​[19]​ HIII Pyrobaculum organotrophum A crm 5' GCGAGCCCGTAAGGGTGTGTACGGG
3' CGCTCGGGCATTCCCACACATGCCC 		5' ---GCGAGCCCGTAAGGGT   GTGTACGGG--- 3'
3' ---CGCTCGGGCATT   CCCACACATGCCC--- 5'
I-PpoI HIV 1EVX Physarum polycephalum E nuclear 5' TAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAAT
3' ATTGATACTGAGAGAATTCCATCGGTTTA 		5' ---TAACTATGACTCTCTTAA   GGTAGCCAAAT--- 3'
3' ---ATTGATACTGAGAG   AATTCCATCGGTTTA--- 5'
PI-PspI HI Pyrococcus sp. A crm 5' TGGCAAACAGCTATTATGGGTATTATGGGT
3' ACCGTTTGTCGATAATACCCATAATACCCA 		5' ---TGGCAAACAGCTATTAT   GGGTATTATGGGT--- 3'
3' ---ACCGTTTGTCGAT   AATACCCATAATACCCA--- 5'
I-ScaI[20]​[21]​ HI Saccharomyces capensis E mito 5' TGTCACATTGAGGTGCACTAGTTATTAC
3' ACAGTGTAACTCCACGTGATCAATAATG 		5' ---TGTCACATTGAGGTGCACT   AGTTATTAC--- 3'
3' ---ACAGTGTAACTCCAC   GTGATCAATAATG--- 5'
I-SceI[4]​[5]​ HI 1R7M Saccharomyces cerevisiae E mito 5' AGTTACGCTAGGGATAACAGGGTAATATAG
3' TCAATGCGATCCCTATTGTCCCATTATATC 		5' ---AGTTACGCTAGGGATAA   CAGGGTAATATAG--- 3'
3' ---TCAATGCGATCCC   TATTGTCCCATTATATC--- 5'
PI-SceI[22]​[23]​ HI 1VDE Saccharomyces cerevisiae E 5' ATCTATGTCGGGTGCGGAGAAAGAGGTAATGAAATGGCA
3' TAGATACAGCCCACGCCTCTTTCTCCATTACTTTACCGT 		5' ---ATCTATGTCGGGTGC   GGAGAAAGAGGTAATGAAATGGCA--- 3'
3' ---TAGATACAGCC   CACGCCTCTTTCTCCATTACTTTACCGT--- 5'
I-SceII[24]​[25]​[26]​ HI Saccharomyces cerevisiae E mito 5' TTTTGATTCTTTGGTCACCCTGAAGTATA
3' AAAACTAAGAAACCAGTGGGACTTCATAT 		5' ---TTTTGATTCTTTGGTCACCC   TGAAGTATA--- 3'
3' ---AAAACTAAGAAACCAG   TGGGACTTCATAT--- 5'
I-SecIII[24]​[27]​[28]​ HI Saccharomyces cerevisiae E mito 5' ATTGGAGGTTTTGGTAACTATTTATTACC
3' TAACCTCCAAAACCATTGATAAATAATGG 		5' ---ATTGGAGGTTTTGGTAAC   TATTTATTACC--- 3'
3' ---TAACCTCCAAAACC   ATTGATAAATAATGG--- 5'
I-SceIV[24]​[29]​[30]​ HI Saccharomyces cerevisiae E mito 5' TCTTTTCTCTTGATTAGCCCTAATCTACG
3' AGAAAAGAGAACTAATCGGGATTAGATGC 		5' ---TCTTTTCTCTTGATTA   GCCCTAATCTACG--- 3'
3' ---AGAAAAGAGAAC   TAATCGGGATTAGATGC--- 5'
I-SceV[24]​[31]​ HIII Saccharomyces cerevisiae E mito 5' AATAATTTTCTTCTTAGTAATGCC
3' TTATTAAAAGAAGAATCATTACGG 		5' ---AATAATTTTCT   TCTTAGTAATGCC--- 3'
3' ---TTATTAAAAGAAGAATCATTA   CGG--- 5'
I-SceVI[24]​[32]​ HIII Saccharomyces cerevisiae E mito 5' GTTATTTAATGTTTTAGTAGTTGG
3' CAATAAATTACAAAATCATCAACC 		5' ---GTTATTTAATG   TTTTAGTAGTTGG--- 3'
3' ---CAATAAATTACAAAATCATCA   ACC--- 5'
I-SceVII[20]​ HI Saccharomyces cerevisiae E mito 5' TGTCACATTGAGGTGCACTAGTTATTAC
3' ACAGTGTAACTCCACGTGATCAATAATG 		  Desconocida **
I-Ssp6803I 2OST Synechocystis sp. PCC 6803 B 5' GTCGGGCTCATAACCCGAA
3' CAGCCCGAGTATTGGGCTT 		5' ---GTCGGGCT   CATAACCCGAA--- 3'
3' ---CAGCCCGAGTA   TTGGGCTT--- 5'
I-TevI[33]​[34]​[35]​ HII 1I3J Escherichia coli fago T4 B fago 5' AGTGGTATCAACGCTCAGTAGATG
3' TCACCATAGT TGCGAGTCATCTAC 		5' ---AGTGGTATCAAC   GCTCAGTAGATG--- 3'
3' ---TCACCATAGT   TGCGAGTCATCTAC--- 5'
I-TevII[33]​[36]​ HII Escherichia coli fago T4 B fago 5' GCTTATGAGTATGAAGTGAACACGTTATTC
3' CGAATACTCATACTTCACTTGTGCAATAAG 		5' ---GCTTATGAGTATGAAGTGAACACGT   TATTC--- 3'
3' ---CGAATACTCATACTTCACTTGTG   CAATAAG--- 5'
I-TevIII[37]​ HIII Escherichia coli fago RB3 B fago 5' TATGTATCTTTTGCGTGTACCTTTAACTTC
3' ATACATAGAAAACGCACATGGAAATTGAAG 		5' ---T   ATGTATCTTTTGCGTGTACCTTTAACTTC--- 3'
3' ---AT   ACATAGAAAACGCACATGGAAATTGAAG--- 5'
PI-TliI[38]​[39]​ HI Thermococcus litoralis A crm 5' TAYGCNGAYACNGACGGYTTYT
3' ATRCGNCTRTGNCTGCCTAARA 		5' ---TAYGCNGAYACNGACGG   YTTYT--- 3'
3' ---ATRCGNCTRTGNC   TGCCTAARA--- 5'
PI-TliII[40]​[22]​[39]​ HI Thermococcus litoralis A crm 5' AAATTGCTTGCAAACAGCTATTACGGCTAT
3' TTTAACGAACGTTTGTCGATAATGCCGATA 		  Desconocida **
I-Tsp061I 2DCH Thermoproteus sp. IC-061 A 5' CTTCAGTATGCCCCGAAAC
3' GAAGTCATACGGGGCTTTG 		5' ---CTTCAGTAT   GCCCCGAAAC--- 3'
3' ---GAAGT   CATACGGGGCTTTG--- 5'
I-Vdi141I 3E54 Vulcanisaeta distributa IC-141 A 5' CCTGACTCTCTTAAGGTAGCCAAA
3' GGACTGAGAGAATTCCATCGGTTT 		5' ---CCTGACTCTCTTAA   GGTAGCCAAA--- 3'
3' ---GGACTGAG   AGAATTCCATCGGTTT--- 5'


*: Endonucleasa que corta en una sola hebra de DNA: Estas enzimas cortan sólo una de las dos hebras del DNA, dejando la otra intacta. Se las podría denominar "endonucleasas pellizcadoras", de su denominación original anglosajona "nicking endonuclease".
**: Secuencia de corte desconocida: La investigación acerca de esta enzima no ha conseguido revelar aún su secuencia de corte concreta.

Enlaces externos

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Bases de datos y listas de enzimas de restricción:

  • Base de datos exhaustiva de enzimas de restricción y endonucleasas homing ubicada en los servidores de New England Biolabs©. Incluye toda clase de información biológica, estructural, cinética y comercial acerca de miles de enzimas. También incluye referencias bibliográficas especializadas para cada molécula: Roberts RJ, Vincze T, Posfai, J, Macelis D. «REBASE». Consultado el 7 de enero de 2010. «Restriction Enzyme Database.» 
  • Base de datos de inteínas, alojada en la página web de New England Biolabs©. Perler FB. «InBase». Consultado el 5 de febrero de 2010. «The Intein Database and Registry». .[41]​
  • Información detallada para experimentos bioquímicos: «Enzyme finder». Consultado el 7 de enero de 2010. «New England Biolabs© enzyme finder.» 

Bases de datos de proteínas:

  • Base de datos de estructuras de proteínas, resueltas a estructura atómica: «PDB». Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB). Consultado el 25 de enero de 2010. «RCSB Protein Data Bank.» 
  • Bases de datos generales de proteínas: Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) & European Bioinformatics Institute (EBI). «UniProtKB/Swiss-Prot & TrEMBL». Consultado el 25 de enero de 2010. «Swiss-Prot es una base de datos de proteínas con un gran nivel de supervisión y anotación, un mínimo nivel de redundancia y un elevado nivel de integración con otras bases de datos. Swiss-Prot describe, tanto la función de la proteína, como su estructura de dominios, modificaciones post-transcripcionales, variantes, etc. TrEMBL es un suplemento a Swiss-Prot, anotado de forma automatizada, que contiene todas las traducciones de las entradas recogidas en las bases de datos del EMBL que no han sido aún integradas en Swiss-Prot.» 

Referencias

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  1. ↑ Lambowitz AM, Belfort M (1993). «Introns as mobile genetic elements». Annu Rev Biochem. 62: 587-622. 
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Véase también

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