Se han registrado unas 600 especies de estos animales. Algunos de los peces más resaltantes son el sábalo, el paiche y el zúngaro.

De igual forma, es notable la presencia de tortugas, entre las que destacan la charapa, la taricaya y el motelo.

En cuanto a los mamíferos, destaca el capibara, que es el roedor más grande del mundo. De igual forma, en la región Omagua se encuentran armadillos gigantes, monos, jaguares, nutrias, manatíes y diversas especies de venados.

En lo concerniente a las aves, existe una gran variedad de especies. Entre estas destacan el tucán, el hoatzin, el loro y las guacamayas.

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