Entre sus numerosos escritos estaba un tratado botánico, de 1735, llamado Designatio plantarum quas hortus AF Waltheri complectitur, en el que se ofrecen descripciones de miles de especies de plantas de su jardín botánico privado. Como médico hizo contribuciones en los campos de la miología y angiología, y tiene varios términos médicos y anatómicos que llevan su nombre, incluyendo:
"Dilatador de Walther": instrumento para dilatar la uretra femenina
"Conductos de Walther": también conocidos como conductos sublinguales menores
"Ganglios de Walther": también se conocen como ganglios coccígeos
"Plexo de Walther": también conocido como plexo intracavernoso; la porción del plexo carotídeo interno en el seno cavernoso
Dissertationem inauguralem de secretione animal. Wittemberg, 1712 (disertación ante Johann Gottfried von Berger)
De lingua humana novis inventis octo sublingualibus salivae rivis, nunc ex suis fontibus glandulis sublingualibus eductis irrigua exercitatio. Leipzig, 1724
Ad anatomiam publicam cadaveris feminae morbo convulsivo … affectae … invitat. Leipzig, 1727
Ilustración de Supplementum tractationis de articulis, ligamentis, ... desde Acta Eruditorum, 1732De articulis, ligamentis et musculis hominis incessu statuque dirigendis in Theatro Anatomico Lipsiensi observationes fecit, denuo recognovit, et iconibus illustravit. Leipzig, 1728
Arteriae coeliacae tabulam in anatomes studio desideratam et reliqua publici juris facit. Leipzig, 1729
Exercitatione angiologica de vasis vertebralibus observationem novam inter alia tradit. Leipzig, 1730
Observationes anatomicas selectas tres de ductu thoracico bipartito, vena bronchiali sinistra, et inferiore arteria hepatica, superioris meseraicae sobole exhibet, et panegyrin medicam indicit. 1731
Plantarum exoticarum indigenarumque index. Leipzig, 1732
Ilustración desde Partus monstruosi historiam et sectionem (Acta eruditorum, 1732)Partus monstrosi historiam et sectionem describit deinde panegyrin medicam indicit. Leipzig, 1732
Paris intercostalis et vagi corporis humani nervorum et ab utroque ejus latere obviorum anatomen exhibet postquam expositionem cl. Winslow nuperrime cum cadavere contulit atque panegyrin medicam indicit. Leipzig, 1733
Observationes novas de musculis, et professionis anatomes atque chirurgiae ordinariae per decem annos administratae rationes reddit et exhibet, simul ad anatomen publicam viscerum atque sensuum organorum cadaveris masculini d. XXVIII. Ian. MDCCXXXIII. lectorem invitat. Leipzig, 1733
Designatio plantarum quas hortus A.F. Waltheri complectitur. Accedunt novae plantarum icones XXIV. Leipzig, 1735
De pulsu sanguinis in durae meningis sinu disserit et panegyrin medicam indicit. Leipzig, 1737
De structura cordis auricularum disserit et panegyrin medicam indicit. Leipzig, 1738
De aneurismate disserit et panegyrin medicam indicit. Leipzig, 1738
Panegyrin medicam indicit et de vena portae exercitationis anatomicae partem primam tradit. Leipzig, 1739
De hominis larynge et voce disserit et panegyrin medicam indicit. Leipzig, 1740
De plantarum structura disserit et panegyrin medicam indicit. Leipzig, 1740
De inflammatione disserit et panegyrin medicam indicit. Leipzig, 1741
De temperamentis et deliriis disserit et panegyrin medicam indicit. Leipzig, 1741
De atra bile disserit et panegyrin medicam indicit. Leipzig, 1741
De sulphure et marte disserit et panegyrin medicam indicit. Leipzig, 1743
De nitroso plurium medicatorum fontium sale disserit et panegyrin medicam indicit. Leipzig, 1744
De oleis vegetabilium essentialibus disserit et panegyrin medicam indicit. Leipzig, 1745
La abreviatura «A.Walther» se emplea para indicar a Augustin Friedrich Walther como autoridad en la descripción y clasificación científica de los vegetales.[8]
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