En 2002 se hacen grandes cambios, se instala el sistema de "paquetes", además se eliminan recorridos o cambian sus rutas. A partir del 2005 desaparecen algunos recorridos debido a las extensiones del Metro ya que perdieron pasajeros, en 2006 la mayoría de los recorridos se transforma a L-XX. Al año siguiente, con el comienzo de Transantiago desaparecen la mayoría de las líneas y sólo quedan unos pocos recorridos rurales y algunas rutas son realizadas por recorridos Transantiago.
A continuación, se presentan las Unidades de Negocio con los servicios de Metrobus que llegaban a ellos, luego de la licitación del año 2002 y el 21 de octubre de 2005.
Unidad N°1: Escuela Militar
Recorrido
Inicio
Fin
Empresa
MB-01
Escuela Militar
Vitacura
Redbus S.A.
MB-02
Escuela Militar
La Reina
Redbus S.A.
MB-03A
Escuela Militar
Lo Curro
Redbus S.A.
MB-03B
Escuela Militar
Huechuraba
Redbus S.A.
MB-05
Escuela Militar
San Carlos de Apoquindo
Redbus S.A.
Unidad N°2: Pajaritos
Recorrido
Inicio
Fin
Empresa
MB-33
Pajaritos
La Farfana
ALSA Genera S.A.
MB-34A
Pajaritos
Cerro Navia
ALSA Genera S.A.
MB-34B
Pajaritos
Mall Arauco Maipú
ALSA Genera S.A.
MB-35
Pajaritos
Pudahuel
ALSA Genera S.A.
Unidad N°3: Lo Ovalle poniente
Recorrido
Inicio
Fin
Empresa
MB-50
Lo Ovalle
El Tranque
ALSA Genera S.A.
MB-51
Lo Ovalle
Villa Chiloé
ALSA Genera S.A.
MB-52
Lo Ovalle
Lo Herrera
ALSA Genera S.A.
MB-53
Lo Ovalle
Tejas de Chena
ALSA Genera S.A.
MB-54
Lo Ovalle
Santa Rosa
ALSA Genera S.A.
MB-55
Lo Ovalle
El Manzano
ALSA Genera S.A.
MB-58
Lo Ovalle
Plaza Oeste
ALSA Genera S.A.
MB-60
Lo Ovalle
Plaza Oeste
ALSA Genera S.A.
Unidad N°4: Lo Ovalle oriente
Recorrido
Inicio
Fin
Empresa
MB-59
Lo Ovalle
La Florida
Redbus S.A.
MB-61
Lo Ovalle
Plaza Vespucio
Redbus S.A.
Unidad N°5: Bellavista de La Florida Oriente
Recorrido
Inicio
Fin
Empresa
MB-70
Bellavista de La Florida
Papelera
Redbus S.A.
MB-75
Bellavista de La Florida
María Elena
Redbus S.A.
MB-76
Bellavista de La Florida
Eyzaguirre
Redbus S.A.
MB-77
Bellavista de La Florida
Puente Alto
Redbus S.A.
MB-79
Bellavista de La Florida
Rojas Magallanes
Redbus S.A.
MB-82
Bellavista de La Florida
Gabriela Poniente
Redbus S.A.
Unidad N°6: Bellavista de La Florida Poniente
Recorrido
Inicio
Fin
Empresa
MB-59
Lo Ovalle
La Florida
Redbus S.A.
MB-61
Lo Ovalle
Plaza Vespucio
Redbus S.A.
MB-71
Villa Chiloé
La Florida
Redbus S.A.
Unidad N°7: Cal y Canto
Recorrido
Inicio
Fin
Empresa
MB-40
Puente Cal y Canto
Renca
Redbus S.A.
MB-40B
Puente Cal y Canto
Quinta Normal
Redbus S.A.
MB-44A
Puente Cal y Canto
Quilicura
Redbus S.A.
MB-44B
Cal y Canto
Quilicura
Redbus S.A.
MB-44C
Quilicura
Mall Plaza Norte
Redbus S.A.
Unidad N°8: Pedrero
Recorrido
Inicio
Fin
Empresa
MB-93
Pedrero
María Angélica
Redbus S.A.
El recorrido MB-93 comenzó desde la estación Pedreros hasta que acabaron extendiendo su tramo hasta el Metro Mirador con conexión al Mall Florida Center.
A continuación, se presentan los servicios de Metrobus que operaban desde el 22 de octubre de 2005 y el 9 de febrero de 2007, los que fueron adjudicados por las empresas operadoras del Transantiago, junto con lo cual los recorridos pasan a portar el color que correspondía a la licitación del operador, esto es las zonas alimentadoras adjudicadas.[2]
Ajeno al proceso de licitación, los servicios que tenían destinos a Buin, Pirque y el Cajón del Maipo, continuaron haciendo servicio con normalidad. Incluso, la empresa Cántares de Chile S.A. cambió el cabezal de su recorrido MB-80, desplazándolo de Bellavista a Lo Ovalle para así crear el MB-81 desde Buin. En el caso del servicio MB-72, la empresa ha creado 3 variantes, denotadas como MB-72A, MB-72B y MB-72C, los cuales solo varían su ruta en La Florida y Puente Alto.
Debido a la baja demanda desde el 1 de agosto de 2016 el servicio MB-80 abandona el trazado desde Gabriela a Lo Ovalle circulando directamente por Vicuña Mackenna hasta la estación Elisa Correa .[3]