El Alcalde Municipal de Funza Cundinamarca, comúnmente conocido como el alcalde de Funza, encabeza el gobierno del municipio. Es la máxima autoridad administrativa y política de Funza. Esta autoridad es elegida por votación popular, con el sistema de mayoría simple, para un periodo de cuatro años. El Despacho de la Alcaldesa y sede del gobierno municipal de Funza se encuentra ubicado en el Parque Principal de Funza, Capitán Ernesto Esguerra, Palacio Municipal ubicado en la Carrera 14 #13-05, Funza, Cundinamarca.
Desde el año 1988 en Colombia se habilita la elección popular de alcaldes y otros cargos, por medio del Acto Legislativo 1 de 1986 del Congreso de la República, inicialmente por un periodo de 3 años, a partir del año 2003 se extienden de 3 a 4 años el período de gobierno de los alcaldes colombianos, la elección popular de 1988 da como ganador a Juan Manuel Gutiérrez Madero, que se convierte en el primer alcalde popular del municipio de Funza.
Logo Alcaldía de Funza a partir de 2024, en cumplimiento de la Ley 2345 de 2023:[10] Por medio de la cual se implementa el manual de identidad visual de las entidades estatales, se prohíben las marcas de gobierno y se establecen medidas para la austeridad en la publicidad estatal[11]