ADMIXTOOLS
ADMIXTOOLS (o AdmixTools) es un paquete de software utilizado principalmente para analizar la mezcla genética en genética de poblaciones. La versión original fue desarrollada como un conjunto de programas en C independientes por Nick Patterson y su equipo fue publicada en 2012.[1][2] Una versión reimplementada, ADMIXTOOLS 2, fue desarrollada como un paquete en R por Robert Maier y su equipo y publicada en 2023.[3][4] La mayoría de los programas de ADMIXTOOLS se basan en el ajuste de modelos demográficos a f-estadísticos, que se calculan a partir de frecuencias alélicas poblacionales.[5]
| ADMIXTOOLS | ||
|---|---|---|
| Información general | ||
| Tipo de programa | software | |
| Desarrollador |
| |
| Información técnica | ||
| Programado en | R | |
| Versiones | ||
| Última versión estable | 8.0.26 de septiembre de 2024 | |
| Enlaces | ||
qpGraph
editarqpGraph es un programa de software que forma parte del paquete ADMIXTOOLS[2] desarrollado por Patterson et al. (2012). qpGraph evalúa modelos de relaciones poblacionales basados en gráficos con mezcla genética.[1] Estima verosimilitudes de gráficos con una topología fija,[6][7] ajustando los parámetros del gráfico para que coincidan con los f-estadísticos observados.[8]
ADMIXTOOLS 2 añade funcionalidad para encontrar topologías de gráficos optimizadas, similar a programas como Treemix.[9]
Otras herramientas informáticas
editarLas herramientas estadísticas relacionadas en el paquete de software ADMIXTOOLS incluyen qpAdm,[10] qpfst, qpF4ratio, qp3Pop, qpBound, qpDstat, y qpWave.[11] qpDstat y qpWave prueban si las poblaciones forman clados, mientras que qpAdm estima proporciones de ascendencia.[4] qpAdm se usa a menudo en conjunto con CP/NNLS.[12][13]
Véase también
editarReferencias
editar- ↑ a b «Ancient admixture in human history». Genetics 192 (3): 1065-93. November 2012. PMC 3522152. PMID 22960212. doi:10.1534/genetics.112.145037. Parámetro desconocido
|vauthors=ignorado (ayuda) - ↑ a b «DReichLab/AdmixTools: Tools test whether admixture occurred and more». GitHub. Consultado el 18 de mayo de 2022.
- ↑ «On the limits of fitting complex models of population history to f-statistics». eLife 12. April 2023. PMC 10310323. PMID 37057893. doi:10.7554/eLife.85492. Parámetro desconocido
|vauthors=ignorado (ayuda) - ↑ a b «Inferring demographic history from genetic data». uqrmaie1.github.io. Consultado el 18 de mayo de 2022.
- ↑ «f-statistics». Consultado el 11 de julio de 2023.
- ↑ Molloy, Erin K; Durvasula, Arun; Sankararaman, Sriram (1 de julio de 2021). «Advancing admixture graph estimation via maximum likelihood network orientation». Bioinformatics (Oxford University Press (OUP)) 37 (Supplement_1): i142-i150. ISSN 1367-4803. PMC 8336447. PMID 34252951. doi:10.1093/bioinformatics/btab267.
- ↑ «Compute the fit of an admixture graph - qpgraph». uqrmaie1.github.io. Consultado el 18 de mayo de 2022.
- ↑ «Estimating Admixture Graphs with qpGraph». CompPopGenWorkshop2019 documentation. Consultado el 18 de mayo de 2022.
- ↑ «Treemix». Consultado el 11 de julio de 2023.
- ↑ Harney, Éadaoin; Patterson, Nick; Reich, David; Wakeley, John (8 de enero de 2021). «Assessing the performance of qpAdm: a statistical tool for studying population admixture». En Novembre, J, ed. Genetics (Oxford University Press (OUP)) 217 (4): iyaa045. ISSN 1943-2631. PMC 8049561. PMID 33772284. doi:10.1093/genetics/iyaa045.
- ↑ «Admixture modelling with qpWave and qpAdm». CompPopGenWorkshop2019 documentation. Consultado el 18 de mayo de 2022.
- ↑ Järve, Mari et al. (22 de julio de 2019). «Shifts in the Genetic Landscape of the Western Eurasian Steppe Associated with the Beginning and End of the Scythian Dominance». Current Biology 29 (14): 2430-2441.e10. ISSN 0960-9822. doi:10.1016/j.cub.2019.06.019.
- ↑ Saag, Lehti et al. (22 de enero de 2021). «Genetic ancestry changes in Stone to Bronze Age transition in the East European plain». Science Advances 7 (4). ISSN 2375-2548. PMC 7817100. PMID 33523926. doi:10.1126/sciadv.abd6535. Parámetro desconocido
|biorxiv=ignorado (ayuda)
Enlaces externos
editar- AdmixTools en GitHub
- AdmixTools 2 en GitHub
- Paquete de software qpGraph en Bioconductor 3.8. doi 10.18129/B9.bioc.qpgraph
- admixr – Paquete R para análisis reproducibles usando ADMIXTOOLS
Datos: Q112064761
